จากผลการศึกษาพบว่าเมื่อพิจาณาลักษณะทางกายภาพของเนื้อดินในแต่ละพื้นที่ของหนองหาร จะมีความแตกต่างกันออกไปตามบริบทของพื้นที่นั้นๆ โดยสถานีที่มีลักษณะพื้นที่ท้องน้ำเป็นดินปนทรายละเอียดหรือทรายละเอียด ได้แก่ สถานี NH6 และ NH11 มีปริมาณน้ำในดินตะกอนอยู่ในช่วงร้อยละ 19.95-22.13 และ 23.98-28.84 ตามลำดับ สถานี NH11 เป็นปากทางของลำน้ำพุงลงสู่หนองหารตลอดปี ทำให้มีมวลน้ำไหลเข้าหนองหารจึงทำให้ตะกอนขนาดเล็กมากถูกพัดออกไป และมีตะกอนทรายมาตกทับถมอยู่ในบริเวณดังกล่าว ซึ่งอนุภาคทรายไม่สามารถเก็บกักน้ำเอาไว้ได้ภายในช่องว่างระหว่างอนุภาคเนื่องจากไม่จับตัวกันเป็นก้อน ในขณะที่สถานีที่มีพรรณไม้น้ำปกคลุมหนาแน่นอย่าง NH5 และ NH9 มีปริมาณน้ำในดินตะกอนสูง ในช่วงร้อยละ 61.99-89.42 และ 62.81-74.27 ตามลำดับ สะท้อนลักษณะตะกอนที่เหลว มีองค์ประกอบของน้ำที่อยู่ในตะกอนมากและน้ำหนักเบา ซึ่งตะกอนลักษณะเช่นนี้ส่วนใหญ่จะเป็นตะกอนซึ่งเกิดจากซากพืช ซึ่งมีน้ำอยู่ในองค์ประกอบของต้นพืชในสัดส่วนสูง (ภาพที่ 19) ซึ่งพื้นที่โดยส่วนใหญ่ของหนองหารนั้นเป็นบริเวณที่มีพืชน้ำขึ้นอยู่อย่างหนาแน่น ทำให้พื้นดินชั้น 1 เซนติเมตรแรกอาจเต็มไปด้วยซากของพืชที่ตายและทับถมกันปะปนกับตะกอนของโคลนเลน จึงทำให้ภาพรวมของปริมาณน้ำในดินตะกอนในหนองหารมีค่าปานกลางไปถึงสูงมาก
พื้นที่ศึกษาที่มีปริมาณน้ำในดินสูงมากในทุกช่วงของการศึกษา ตั้งแต่ปี 2559 จนถึงการศึกษาในปัจจุบัน ได้แก่ สถานี NH5 บริเวณ ต.บ้านแป้น อ.โพนนาแก้ว มีจุดเก็บตัวอย่างห่างจากฝั่งออกมามากพอสมควรเนื่องจากเรือไม่สามารถเข้าไปได้ถึงจุดที่ใกล้ฝั่ง จึงถือเป็นพื้นที่ที่มีความเป็นธรรมชาติ ถูกรบกวนน้อยมากและด้วยลักษณะทางกายภาพที่กล่าวมาข้างต้นทำให้มีปริมาณน้ำในดินทั้ง 4 เดือนของการศึกษาไม่ต่ำกว่าร้อยละ 60 ซึ่งแสดงให้เห็นว่าพื้นที่นี้ไม่ได้ผลกระทบจากการเปลี่ยนแปลงตามฤดูกาลมากเหมือนกับพื้นที่อื่นที่มีทิศทางของปริมาณน้ำในดินตะกอนที่เพิ่มขึ้นหรือลดลงต่างกันออกไป ตัวอย่างเช่น สถานี NH7 ซึ่งจากข้อมูลปี 2559-2560 พบว่ามีปริมาณน้ำในดินตะกอนอยู่ในช่วงร้อยละ 20.77-55.01 เท่านั้น แต่ในการศึกษาครั้งนี้พบว่าในพื้นที่นี้มีปริมาณน้ำในดินตะกอนเพิ่มมากขึ้น อยู่ในช่วงร้อยละ 64.04-77.62 จากเดิมที่มีสภาพพื้นท้องน้ำเป็นดินปนทรายที่ค่อนข้างสะอาด กลายเป็นดินตะกอนที่มีโคลนสะสมมากขึ้นรวมทั้งการมีพืชน้ำเกิดขึ้นอย่างหนาแน่นมากขึ้นในบริเวณดังกล่าว
พื้นท้องน้ำส่วนใหญ่ในบริเวณริมชายฝั่งรวมถึงเขตน้ำตื้นของหนองหารนั้นเต็มไปด้วยซากของใบไม้หรือส่วนต่างๆ ของพืชน้ำที่ตกทับถมกัน รวมทั้งพืชน้ำที่ยังมีชีวิตอยู่ เศษซากเหล่านี้จะย่อยสลายกลายเป็นดินตะกอนผิวหน้าที่ทับถมไปเรื่อยๆ จนเกิดเป็นมวลดินนุ่มที่ฟุ้งกระจายได้ง่ายและหากเกิดการย่อยสลายในสภาวะที่ไม่มีออกซิเจนในบริเวณพื้นท้องน้ำแล้ว อาจเกิดก๊าซไฮโดรเจนซัลไฟด์ที่เป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตสะสมอยู่ในชั้นดินและสามารถแพร่สู่มวลน้ำได้
สารอินทรีย์ในพื้นท้องน้ำนั้นมีความสำคัญในการเป็นอาหารและแหล่งพลังงานที่สำคัญของสิ่งมีชีวิตพื้นท้องน้ำ และสัตว์น้ำซึ่งใช้การกรองกินตะกอนสารอินทรีย์ต่าง ๆ สารอินทรีย์ที่ย่อยสลายแล้วนั้นจะกลายเป็นสาร อนินทรีย์ซึ่งสามารถแพร่กลับสู่มวลน้ำเพื่อใช้ในการผลิตขั้นต้นของแพลงก์ตอนพืชต่อไป
ปริมาณสารอินทรีย์รวมในดินตะกอนผิวหน้าที่ระดับความลึก 0-1 เซนติเมตร ในพื้นที่ศึกษามีค่าอยู่ในช่วงร้อยละ 0.58-17.88 ในพฤศจิกายน 2560, ร้อยละ 0.70-22.13 ในเดือนมีนาคม 2561, ร้อยละ 0.24-37.38 ในเดือนสิงหาคม 2561 และร้อยละ 0.41-20.61 ในเดือนธันวาคม 2561 ตามลำดับ ช่วงพิสัยของข้อมูลที่ค่อนข้างกว้างในแต่ละเดือนแสดงให้เห็นว่าความแตกต่างของสภาพพื้นท้องน้ำในแต่ละพื้นที่ทำให้มีสารอินทรีย์ในระบบพื้นท้องน้ำที่แตกต่างกันไปด้วย ซึ่งสถานีที่มีพื้นท้องน้ำเป็นทราย ได้แก่ สถานี NH6 และ NH11 นั้นจะมีปริมาณสารอินทรีย์รวมที่ต่ำมากๆ เพราะโดยทั่วไปแล้วสารอินทรีย์ไม่สามารถเกาะอยู่กับอนุภาคขนาดใหญ่ ในขณะที่หลายสถานี ได้แก่ NH5, NH7, NH9 และ NH10 พบสารอินทรีย์รวมในดินตะกอนปริมาณสูง เนื่องจากตะกอนที่เก็บได้ในบริเวณผิวหน้าความลึก 0-1 เซนติเมตรนั้นเป็นอนุภาคของซากไม้เน่าเปื่อยขนาดเล็กทับถมกันอยู่รวมกับอินทรีย์สารต่างๆ (ภาพที่ 20) จากผลการศึกษาจะเห็นได้ว่าสถานีที่มีลักษณะดินพื้นท้องน้ำเป็นทราย มีปริมาณน้ำในดินตะกอนต่ำมักจะมีปริมาณสารอินทรีย์ต่ำไปด้วย ตรงกันข้ามกับพื้นที่ที่มีพืชน้ำหนาแน่น ดินเป็นโคลนเลนจะมีปริมาณน้ำในตะกอนสูง ซึ่งเป็นดินที่สะสมสารอินทรีย์เอาไว้มาก
ซัลไฟด์และสารประกอบซัลไฟด์เป็นผลผลิตจากกระบวนการย่อยสลายในสภาวะไม่มีออกซิเจนซึ่งมีความเป็นพิษต่อสิ่งมีชีวิตในแหล่งน้ำ โดยเฉพาะสัตว์หน้าดินที่ได้รับอันตรายมากกว่าสิ่งมีชีวิตอื่น ความเป็นพิษของซัลไฟด์จะเพิ่มขึ้นเมื่อน้ำมีสภาวะเป็นกรดหรือมีค่า pH ต่ำ โดยทั่วไปสามารถพบซัลไฟด์ในปริมาณสูงในพื้นที่ที่มีสารอินทรีย์สะสมอยู่ในปริมาณมาก
ปริมาณซัลไฟด์รวมในดินตะกอน มีค่าในช่วง ไม่สามารถตรวจวัดได้ – 0.127 มิลลิกรัมต่อกรัมของน้ำหนักดินแห้ง ในเดือนมีนาคม 2561 และมีค่า ไม่สามารถตรวจวัดได้ – 0.095 มิลลิกรัมต่อกรัมของน้ำหนักดินแห้ง ในเดือนสิงหาคม 2561 ตามลำดับ สถานี NH5 ยังคงเป็นพื้นที่ที่มีค่าซัลไฟด์สูงอย่างต่อเนื่องตลอดทุกครั้งที่มีการตรวจวัด ระดับของซัลไฟด์ที่พบในสถานี NH5 อยู่ในเกณฑ์ค่อนข้างสูง (จารุมาศ และ เชษฐพงษ์, 2552) เมื่อเปรียบเทียบกับแหล่งน้ำจืดอื่น อันจะเป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตในแหล่งน้ำมากขึ้นหากมีการสะสมของซัลไฟด์อย่างต่อเนื่อง ซึ่งพื้นที่ NH5 นั้นถือว่าเป็นจุดที่มีพรรณไม้น้ำขึ้นอยู่เป็นปริมาณมากและมีการทับถมกันค่อนข้างหนามาก พื้นที่อีกแห่งซึ่งมีการสะสมของซัลไฟด์อย่างต่อเนื่องได้แก่ สถานี NH10 ซึ่งมีลักษณะทางกายภาพคล้ายคลึงกับสถานี NH5
จากผลการศึกษาจะสังเกตได้ว่าพื้นที่ที่มีการสะสมของสารอินทรีย์สูงมักจะมีปริมาณซัลไฟด์สะสมอยู่ด้วยไม่มากก็น้อย แต่อาจไม่เป็นเช่นนี้เสมอไปหากพื้นที่นั้นมีศักยภาพในการย่อยสลายสารอินทรีย์สูง มีปริมาณออกซิเจนในแหล่งน้ำที่เพียงพอ ดังนั้นการแก้ปัญหาในพื้นที่ที่มีการสะสมของซัลไฟด์ปริมาณสูงนี้ อาจเป็นการควบคุมจัดการที่ต้นเหตุ ได้แก่ ของเสียหรือน้ำทิ้งที่ไหลลงสู่พื้นที่ หรือใช้การแก้ปัญหาโดยเก็บเกี่ยวพรรณไม้น้ำออกจากพื้นที่หรือการขุดลอกพื้นท้องน้ำในส่วนที่มีการทับถมอย่างหนาแน่น จะช่วยนำเอาสารอินทรีย์ออกจากพื้นที่และทำให้พื้นดินสัมผัสกับออกซิเจนจากมวลน้ำได้มากขึ้น